《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2011〕111号，以下简称《试点实施办法》）规定，一般计税方法为：应纳税额=当期销项税额-当期进项税额。增值税销项税额与营业税额计算有较大的差别，也有一些特殊规定，纳税人要注意。
销售额核算的确认
销售额，指纳税人提供应税服务取得的全部价款和价外费用，价外费用是指价外收取的各种性质的价外收费，但不包括代为收取的政府性基金或者行政事业性收费。销项税额=销售额×税率。纳税人兼营营业税应税项目的，应当分别核算应税服务的销售额和营业税应税项目的营业额。未分别核算的，由主管税务机关核定应税服务的销售额。纳税人兼营免税、减税项目的，应当分别核算免税、减税项目的销售额。未分别核算的，不得免税、减税。纳税人提供应税服务的价格明显偏低或者偏高且不具有合理商业目的的，或者发生视同提供应税服务而无销售额的，主管税务机关有权确定销售额。
例如，某试点企业同时经营交通运输业、现代服务业、餐饮业，还提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务等。则该企业应税服务、免税服务和非增值税应税服务项目要分别核算、分别计税、分别申报。《关于交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点若干税收政策的通知》（财税〔2011〕133号）第五条规定，试点纳税人中的一般纳税人按财税〔2011〕111号文件附件2《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点有关事项的规定》（以下简称《试点有关事项的规定》）第一条第三项确定销售额时，其支付给非试点纳税人价款中，不包括已抵扣进项税额的货物、加工修理修配劳务的价款。还有，试点一般纳税人兼有销售货物、提供加工修理修配劳务或者提供应税服务的，凡未规定可以选择按照简易计税方法计算缴纳增值税的，其全部销售额应一并按照一般计税方法计算缴纳增值税。
差额征税的规定
《试点有关事项的规定》第一条第三项规定，试点纳税人提供应税服务，按照国家有关营业税政策规定差额征收营业税的，允许其以取得的全部价款和价外费用，扣除支付给非试点纳税人（指试点地区不按照《试点实施办法》缴纳增值税的纳税人和非试点地区的纳税人）价款后的余额为销售额。试点纳税人中的一般纳税人提供国际货物运输代理服务，按照国家有关营业税政策规定差额征收营业税的，其支付给试点纳税人的价款，也允许从其取得的全部价款和价外费用中扣除，其支付给试点纳税人的价款，取得增值税专用发票的，不得从其取得的全部价款和价外费用中扣除。允许扣除价款的项目，应当符合国家有关营业税差额征税政策规定，同时，纳税人应在第一次纳税申报前，到主管国税机关办理差额征税备案手续。
例如，某试点运输企业2013年3月实现运输收入1110万元，该企业将其中333万元运输业务分包给另一运输公司（非试点企业）承担，可抵扣的进项税额为36.3万元。该企业应纳增值税=（1110-333）÷（1+11%）×11%-36.3=40.7（万元）。需要提醒的是，试点纳税人提供应税服务，按照国家有关营业税政策规定差额征收营业税的，因取得的全部价款和价外费用不足以抵减允许扣除项目金额，截至“营改增”试点实施之日尚未扣除的部分，不得在计算纳税人试点实施之日后的销售额时抵减，应当向主管税务机关申请退还营业税。
视同提供应税服务的情形
《试点实施办法》第十一条明确，向其他单位或者个人无偿提供交通运输业和部分现代服务业服务（以公益活动为目的或者以社会公众为对象的除外）及财政部和国家税务总局规定的其他情形，要视同提供应税服务。这里注意，试点纳税人中的一般纳税人提供的公共交通运输服务（包括轮客渡、公交客运、轨道交通、出租车），可以选择按照简易计税方法计算缴纳增值税。
例如，某试点企业2013年3月实现经营收入1000万元，其中为关联企业提供无偿服务150万元，企业按850万元（1000-150）申报纳税。这种做法是不正确的，应就其全部服务收入申报纳税，提供无偿服务应视同提供应税服务征税。
发票开具需要注意的事项
发票开具和销项税额计算息息相关。一是企业对外提供“营改增”应税服务，除国家另有规定外（如差额征税），不论是否已开发票，都应按规定计提销项税。二是纳税人提供应税服务，将价款和折扣额在同一张发票上分别注明的，以折扣后的价款为销售额。未在同一张发票上分别注明的，以价款为销售额，不得扣减折扣额。三是试点纳税人试点实施之日前提供改征增值税的营业税应税服务并开具发票后，如发生服务中止、折让、开票有误等，且不符合发票作废条件的，应开具红字普通发票，不得开具红字专用发票。对于需重新开具发票的，应开具普通发票，不得开具专用发票（包括货运专用发票），重新开具的普通发票不征收增值税。四是不得开具增值税专用发票情形：1.向消费者个人提供应税服务。2.适用免征增值税规定的应税服务。同时，开具专用发票的时限与增值税纳税义务发生的时间既有联系又有区别，实际操作中要引起重视。
